Москва второй половины XVI века. Иван Грозный проводит кровавую политику «искоренения измены» на Руси. Для этого царём избраны «опричь», то есть «кроме», бояр и родовитого земства, малознатные дворяне, которых так и стали называть — «опричники» (или «кромешники»). Царь дал им исключительные полномочия на расправу с любым изменником, и таковым они могут объявить каждого по одному только слову своему — безо всякого суда. Между земщиной и опричниной мечется молодой боярин Андрей Морозов. Семейное древо и влияние горячо любимой матушки крепко связывают Андрея с земщиной. Но жажда мести князю Жемчужному — предателю, обманувшему и обездолившему боярина и его мать, — толкает Андрея вступить в опричнину.
Картина первая
Сад у бывшего терема боярина Морозова, а ныне — двор князя Жемчужного. Седой боярин Молчан Митьков пришёл свататься к молодой княжне Наталье Жемчужной. Сватовство Митькова приходится как нельзя кстати. Ведь князь раздумал выдавать дочь за молодого Морозова, о чём у них раньше был уговор с отцом Андрея. После гибели в бою старшего боярина Морозова князь Жемчужный подделал завещание в свою пользу, сам занял его хоромы, а вдову вместе с сыном выгнал из их родового гнезда. Но Наташа продолжает грезить об Андрее. Поэтому подслушанный разговор отца с Митьковым приводит её в отчаяние. Между тем Андрей вместе с любимцем Грозного опричником Фёдором Басмановым подходит к своему бывшему дому, чтобы повидаться с Наташей перед тем, как отправиться к царю суда искать. Но Басманов ловко направляет его мысли на то, что лучше быстрее получить благословение матери на поездку в Александровскую слободу. Если царь примет Андрея в опричнину, то тогда уж он точно женится на своей Наталье. Тем временем в доме Жемчужного мамки и подружки принимаются готовить Наталью к скорой свадьбе, что приводит невесту в полное оцепенение — она не ожидала от отца такой спешки.
Картина вторая
Келья, куда перебралась изгнанная из родного дома боярыня Морозова. Тревога за сына, оскорблённая гордость и жгучая обида кипят в душе Прасковьи Ниловны. Тщетно она пытается смирить себя богомольем. Бессильный гнев продолжает бередить её воображение.
Андрей приходит за разрешением отправиться в Александровскую слободу. Однако, мужества рассказать матери о своём решении вступить в опричнину ему не хватает. Морозова отпускает сына на царский суд — она тоже жаждет расквитаться с Жемчужным, но благословляет Андрея с тяжёлым сердцем, предчувствуя беду.
Картина третья
Подземелье в Александровской слободе. Обречённые на смерть «изменники» молятся перед казнью. Опричники во главе с Афанасием Вязьминским одного за другим «отделывают» своих пленников. Появляется Басманов, который передаёт Вязьминскому царское поручение посвятить в опричники Андрея Морозова. Тяжела опричная клятва: под страхом смерти новобранец должен навсегда отречься от любых сношений с земщиной, даже от встреч с родной матерью. Андрей колеблется, поэтому заветное «клянусь» из-за его спины произносит Басманов. Но Морозов тут же отрекается от фальшивой клятвы. Тогда Вязьминский, который всех Морозовых считает заклятыми врагами, решает ещё больше ужесточить испытание и требует от Андрея подтвердить свои слова ещё и казнью одного из земских узников, выбирая для этого совсем юного боярчонка. Теперь у Андрея выбор: либо убивать земских, либо самому быть убитым. С возгласом: «Так пропадай же всё! Клянусь!» — Андрей вступает в опричнину.
Картина четвёртая
В московском храме народ молится о возвращении царя в покинутую столицу, а боярыня Морозова — о возвращении сына. Когда она на паперти творит милостыню, мальчишки обзывают её «поганой опричницей». Нищие отгоняют хулиганов, чтобы Прасковья Ниловна продолжила раздавать монеты.
Вдруг рядом с нищими Морозова находит укрывшуюся под тёмным платком Наталью. Она сбежала из-под венца и теперь просит Морозову спрятать её от отцовых преследователей. На площадь приходит князь Жемчужный с челядью и велит вязать свою непокорную дочь. Но следом появляются опричники во главе с Басмановым и Андреем. Жемчужный со слугами быстро сам становится жертвой опричного самосуда. Наталья спасена, Андрей счастлив. Но мать, увидев сына в опричном стихаре, проклинает его.
Андрей не может прийти в себя от потрясения. Басманов предлагает единственный выход: бить челом Грозному и слёзно просить разрешить опричную клятву, чтобы отпустить Морозова обратно в земство.
Картина пятая
Пир в царской хоромине. Грозный согласился освободить Андрея от службы в опричниках и тут же постановил сыграть его свадьбу с княжной Жемчужной в царском дворце. Опричники славят молодых, но смертельная ненависть к родовитым боярам — родственникам Андрея и Натальи — чувствуется даже на свадьбе. В пьяном угаре едва не до смерти доводят они пленного Жемчужного. В последний момент Андрею удаётся угомонить опричников: всё-таки князь — отец его невесты.
Басманов, чувствуя недовольство своих собратьев, предупреждает Андрея, что до полуночи он и сам ещё опричник, связанный грозной клятвой. Появившийся на пиру Вязьминский передаёт царский указ: Иван Васильевич, прослышав о красоте Натальи, приглашает её в свою палату. Но велит явиться одной — без молодого супруга! Андрей не может перенести это оскорбление — уж лучше смерть. Вязьминскому только этого и нужно: по его приказу опричники прямо на пиру сооружают место казни; кроме того, он посылает за матерью Морозова, чтобы насладиться её ужасом от смерти сына.
Из своей палаты спускается и сам царь Иван. Буднично наблюдает он за казнью Андрея, отпускает на волю истерзанного Жемчужного, качает на коленях обморочную Наталью. Хор опричников славит своего царя.
Краткое содержание спектакля в редакции режиссёра